Para conservar uma espécie é necessário conhecer sobre seus hábitos, área de vida, suas demandas ecológicas e os fatores que ameaçam a sua conservação.
Para alcançar esse objetivo, o IOP, desenvolve pesquisa científica sobre a onça-pintada, e outras espécies animais em áreas estratégicas da Amazônia, Caatinga, Cerrado e Pantanal, cujas principais linhas de pesquisa abrangem:
● Mapeamento da ocorrência atual da onça-pintada no Brasil;
● Programas de monitoramento das populações de onças-pintadas e suas presas;
● Avaliação dos principais corredores de dispersão para a espécie;
● Programa Corredor da Onça;
● Programas de manejo de conflitos entre a onça-pintada e pecuaristas;
● Estudo da percepção humana sobre a onça-pintada no Brasil;
● Conservação ex situ (Criadouro Científico – Instituto Onça-Pintada)
● Certificado Onça-Pintada, entre outros.